Prakarsa Madani berdiri pada tanggal 1 Januari 2001. Latar belakang berdirinya lembaga adalah kepedulian beberapa orang aktivis Organisasi Non Pemerintah (ORNOP) terhadap lemahnya daya tawar rakyat dalam persoalan Ekonomi, Politik, Sosial Budaya, Hak Asasi Manusia (HAM), Demokrasi dan Pengelolaan Sumber Daya Alam (SDA) yang tidak berpihak kepada kepentingan rakyat di level akar rumput.